L’architecture du chœur de l’église est difficile à comprendre aujourd’hui, car les éléments qui ont présidé à sa conception ont disparu. Pourquoi ces grands escaliers latéraux ? Vers quoi se dirigeaient-ils ?
Il faut imaginer que dans le plan d’origine, l’autel majeur de l’église se trouvait dans la partie haute du chœur, là où est actuellement suspendue une grande croix métallique. Au niveau du sol, à la place du chœur actuel, se trouvait les stalles où les religieux dominicains chantaient les offices et assistaient à la messe, mais sans être visibles par les fidèles car ils se tenaient au delà d’un jubé, situé au niveau actuel de la marche d’accès au chœur. Deux petits autels ornaient ce jubé, côté fidèles. Au fond du chœur, deux petites portes en bois, ornées d’élégants motifs en fer forgé, donnent accès à la salle du chapitre qui est situé sous l’autel. Elle est peu éclairée, mais cela n’était pas gênant car les frères s’y rendaient après l’office des vigiles, au milieu de la nuit.
Cette conception du chœur, très originale, permettait donc aux fidèles de voir l’autel par dessus les frères, et aux frères de voir l’autel sans être vus des fidèles. Après le concile, l’autel a été démoli, comme la chaire.
Le chœur est éclairé par trois grandes verrières.
La verrière de gauche dans le chœur
On y retrouve les mystères joyeux de la vie du Christ tels qu’ils sont médités dans le Rosaire. À la manière de Fra Angelico, le P. Danzas a, à plusieurs reprises, introduit dans l’image un dominicain en contemplation devant le mystère.
La verrière centrale dans le chœur
C’est le vitrail le plus grand et le plus composé de l’église. Il célèbre à la fois le Christ, la Vierge Marie, dans contexte dominicain fortement affirmé.
Cette scène évoque l’usage dominicain de chanter le Salve Regina en procession à l’issue des Vêpres ou des Complies. Les frères se rendent à l’autel de la sainte Vierge, précédés par deux frères qui portent des cierges.
La scène suivante représente la rencontre de saint Dominique et saint François. Les deux fondateurs ont pu se rencontrer lorsqu’ils séjournaient l’un et l’autre à Rome. Aucun document dominicain de l’époque n’y fait allusion. En revanche, on en trouve une trace dans la vie de saint François par Thomas de Cellano (Vita secunda § 148) et au § 18 des Fiorettis de saint François (XIVe).
La représentation de leur rencontre est cependant assez fréquente dans l’iconographie ; elle met en valeur la proximité des deux fondations. On en retrouve une seconde représentation dans l’église, dans un vitrail de la deuxième verrière du bas côté nord. Fra Angelico l’a représentée plusieurs fois, mais en n’allant jamais jusqu’à peindre les deux saints dans une étreinte aussi étroite que dans les vitraux du Saint-Nom.
Fra Angelico a souvent représenté cette rencontre entre les deux saints : Staatliche Museen, Berlin, c. 1429 ; bas de la Madonna in Trono con Bambino, Parma, Galleria Palatina ; prédelle du tableau « La Vierge, l’Enfant et les saints », église du Gesú, Cortone ; « La vierge apaise la colère de son fils en lui présentant S. François et S. Dominique », Berlin, Kaiser Friedrich Museum.
La proximité de cette image avec la précédente est suggérée par le récit hagiographique de l’Année dominicaine dont s’est inspiré l’artiste. Le Christ ressuscité bénit sa mère, entouré par des anges. La banderole reprend le verset 11 du psaume 84 : « Justice et paix s’embrassent. »
Cette représentation est très fréquente dans les ordres religieux. C’est toujours la Vierge Marie avec son manteau, mais selon les images, les religieux ne sont pas les mêmes. En revanche, ils donnent toujours l’impression d’être les seuls à bénéficier d’une telle protection…
La verrière de droite dans le chœur
On y retrouve les mystères douloureux de la vie du Christ tels qu’ils sont médités dans le Rosaire. À la manière de Fra Angelico, le P. Danzas a, à plusieurs reprises, ici encore, introduit dans l’image un dominicain en contemplation devant le mystère.